Sejak itu Mitra Surabaya berganti nama menjadi Mitra Kalteng Putra (MKP). Pada tahun 2001, Mitra Kalteng Putra degradasi ke Divisi Dua Liga Indonesia.

Kesulitan keuangan yang dialami Mitra Kalteng Putra dalam menjalani roda kompetisi akhirnya membuat klub ini kembali pindah markas ke Kabupaten Kutai Kartanegara pada tahun 2003 dengan status dipinjamkan.

Mitra Kalteng Putra kemudian berganti nama lagi menjadi Mitra Kukar saat menjalani kompetisi Divisi Dua Liga Indonesia musim 2003 hingga sukses menapak ke kompetisi Divisi Satu Liga Indonesia pada musim 2004.

Status Mitra Kukar secara resmi menjadi milik Kutai Kartanegara setelah klub ini dibeli dari H. Sulaiman HB dengan harga Rp. 1,5 miliar pada tahun 2005.

Di musim 2007, Mitra Kukar berhasil lolos ke Divisi Utama Liga Indonesia musim 2008 setelah sukses menduduki posisi sebagai juara Grup IV sekaligus melaju babak semifinal Divisi Satu Liga Indonesia musim 2007.

Namun, Mitra Kukar gagal melangkah ke babak final setelah kalah dari Persikad Depok melalui adu penalti.

Baca Juga: Petaka untuk Timnas Indonesia Jelang Piala Asia, Persebaya Konfirmasi Kondisi Cedera Ernando Ari

Mitra Kukar mulai aktif di kasta tertinggi sepak bola tanah air sejak tahun 2013.

Dari situ, kiprah Mitra Kukar terus berkembang hingga mampu menarik sejumlah pemain yang pernah bermain di tim-tim besar Eropa, seperti Mohamed Sissoko (eks Liverpool dan Juventus), Victor Igbonefo (eks Napoli), Marlon da Silva (eks Barcelona B), dan Anindito Erminarno (eks Inter Milan).

Mitra Kukar mencapai puncak prestasinya pada tahun 2015, ketika klub ini berhasil meraih juara Piala Sudirman setelah mengalahkan Semen Padang dengan skor 2-1 di partai final.